痰培养可用于检查痰中存在的致病菌，主要是细菌，如肺炎球菌、卡他莫拉菌、肺炎克雷伯。若支气管和肺感染，通过咳嗽排出痰液，可通过痰培养方式取得病原学诊断。此外结核菌也可以进行痰培养，但周期较长，通常需要半个月到1个月，甚至2个月，完整加上药品需要2个月才能获得结果，但痰培养是结核菌的诊断金标准。

除肺、支气管病变外，咽腔、喉腔以及扁桃体炎症，也可以通过咳痰方式培养。鼻腔可行咽拭子、鼻拭子检测，咽腔也可行咽拭子涂片培养。整体上痰培养主要针对肺和支气管炎症，若痰液里有细菌生长，可通过痰培养鉴定引起肺和支气管感染细菌种类，这是痰培养的目的。