药物治疗是强迫症的主要治疗方法之一，具有抗强迫作用的药物有选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，也把它叫做SSRI，还有三环类抗抑郁药等，其中选择性5-羟色胺再摄取抑制剂是目前治疗的一线用药，也是首选用药。至于三环类抗抑郁药，例如氯米帕明，因为副作用比较大，现在临床上用的比较少。药物治疗包括急性期、巩固期和维持期三个治疗阶段，药物一般从一线用药中选择，也就是选择性5-羟色胺再摄取抑制剂，例如氟西汀、氟伏沙明、舍曲林、帕罗西汀、西酞普兰。药物治疗用于强迫症，往往需要用到药物说明书上推荐的比较高或者最高的剂量，并且需要使用剂量到足够的时间，才会有比较明显的改善。对于多数患者来讲，药物治疗4-6周以后有显著改善，有些患者需要10-12周才有改善。

另外，在SSRI类药物基础之上，联合抗精神病药可以增加疗效，常用的是非典型抗精神病药，例如利培酮、阿立哌唑、喹硫平和奥氮平等。急性期治疗效果好的患者可以进入为期1-2年的巩固期和维持期治疗，主要目的是为了减少患者复发。这两个阶段的用药一般跟急性期相同，完成维持期治疗的患者如果情况一直比较稳定，经过专科医生的系统评估，考虑逐渐减药，直至停药。