肠胃不好比较广泛，主要分为功能性胃肠病和器质性胃肠病。功能性胃肠病主要是指胃肠功能出现问题，部分病人可能表现为排便不规律，大便便秘和腹泻交替，部分病人表现为功能性腹痛、功能性消化不良。此类患者可以适当服用益生菌，较为有效。
常用益生菌可以含有活菌成分，服用时要注意不能使用温度比较高的开水，一般用温水服用。有些活菌生长环境比较脆弱，需要放在冰箱内保存，比如患者最近在服用抗生素消炎药物，则不能与益生菌制剂同服，因为抗生素无论质量如何，都会将益生菌杀灭，所以不能同服；如果服用吸附类药物，比如蒙脱石散或活性炭，亦需要与益生菌隔开服用，否则很容易吸附益生菌，然后一起排出。
部分患者存在幽门螺杆菌感染，根除不止一次但根除失败，很容易引起诸多消化道不良症状，建议在正规四联疗法基础上加用益生菌。目前相关研究显示根除幽门螺杆菌的成功率可以相应提高，但亦要选择效果更好的耐抗生素、耐酸、耐碱的益生菌。
