甲状腺微小乳头状癌是以手术治疗为主的综合治疗。微小乳头状癌手术指征在医学上有非常严格的标准，如微小乳头状癌本身＜1cm，且为单发，切除腺叶即可；如果淋巴结转移多，有可能甲状腺要全切，后续需要优甲乐抑制治疗，内分泌抑制治疗。预计腺叶切除术后需要做碘-131治疗；如5mm以下确认是微小乳头状癌，肿瘤位于甲状腺内，颈部没有可疑淋巴结，病人不想开刀，心理比较稳定，可以短期观察。
甲状腺微小乳头状癌，一般根据大小、淋巴结转移等情况来分析，手术治疗为主，后续需要优甲乐抑制治疗，若有必要，要做碘-131治疗。