治疗结肠炎没有最有效的药，因为每个人具体情况不一样，西药里有几类药物，最常用5-氨基水杨酸类。最早用的柳氮磺吡啶，因为药从1946年就开始应用，到现在应用比较少，主要因为副作用太大，现在有新型的5-氨基水杨酸制剂也很多。临床上对溃疡性结肠炎有比较好的治疗作用，尤其是对轻中度溃疡性结肠炎在临床上能诱导缓解，或者维持缓解。
如果这些药物治疗效果不佳的情况下，症状又比较重，可以加用肾上腺皮质激素进行，很快缓解症状，但是不能用来维持，即不能用激素维持缓解，因为不能长期应用。
如果治疗效果还是不佳，可以用免疫抑制剂，免疫抑制剂现在应用也不是特别广泛。现在还有更新的生物制剂都是单克隆抗体，在临床上有比较好缓解作用。由于价格昂贵，在国内还不是特别普及应用，中医中药在这方面也发挥很重要的作用。
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