非结核分枝杆菌病的治疗要根据菌种决定，因为不同菌种有不同治疗方案，所以要进行菌种鉴定，明确分枝杆菌，然后进行治疗。进行治疗之前需要进行药物敏感试验，并且根据药物敏感试验选用5-6种联合治疗，治疗时间一般需要12-18个月，在痰菌转阴以后巩固治疗12个月。临床上不建议进行经验性治疗，一般需要在确诊以后才开始治疗。同时，如果是非结核分枝杆菌肺病，一般临床不建议手术治疗，还是通过药物治疗。

非结核分枝杆菌病的治疗药物一般有6-7种，包括克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、阿米卡星、多西环素、左氧氟沙星、莫西沙星等。