久服黄连素会有副作用，具体如下：

1、造成肠道菌群失调，造成消化不良；

2、造成肠道对营养吸收的障碍；

3、同时可能对肠内的酸碱度有一定影响；

4、有些患者服用黄连素以后会有便秘表现。

黄连素还是非常好的药，目前发现对于血糖、心脏都有一定的好处，但是一定要记住其有抗菌作用，因此绝对不能常吃。黄连素片常用于治疗肠道感染的药物，疗效非常肯定，最早期还有人认为其能够治疗胃溃疡，因为可能对幽门螺杆菌是有一定杀灭作用。但是因为是抗菌素，因此在服用的时候要中病即止，即治疗疗程结束就不要再吃。