核磁共振检查的时间主要与扫描部位、扫描序列、扫描方式有关，短则5-10分钟，长则30-60分钟。一般头颅、脊柱扫描时间较短，头颅平扫10-15分钟即可完成。而对于乳腺、上腹部，扫描序列特别多，时间相对较长，基本上需要30-45分钟。

另外，腹部检查需要患者呼吸配合，如果配合不好还要训练呼吸，检查时间也会增加。此外，如果有功能成像等特殊要求，时间会更长。如果患者需要做两个部位的磁共振检查，部位增多，时间也相应增加。磁共振检查需要耐心，听从医生吩咐才可更快、更好地完成检查。