胆囊结石有可能会合并胆管结石，或因胆囊结石掉入至胆管而形成胆管结石，称为继发性胆管结石。胆管结石并不是由胆囊结石变成，而是由于胆囊和胆管相通，胆囊内结石可经胆囊管掉入至胆总管而形成胆总管结石。临床常见胆囊结石同时合并胆管结石，或胆囊结石长时间不治疗，在疼痛发作时出现黄疸，检查时提示有胆管结石，往往是胆囊结石引起。

建议有症状的胆囊结石患者进行手术治疗，目的是降低胆管结石的发生率。胆管结石易引起胆道梗阻，进而出现黄疸、胆管炎等，而胆囊切除术对降低胆管结石的发生有一定帮助。研究显示，单纯取胆管结石而不切除胆囊，胆管再次出现结石的风险明显高于已胆囊切除的人群。