扁桃体是人体正常的淋巴组织，可以产生淋巴细胞和抗体，具有天然的抗菌、抗病毒的防御功能。
咽部是吃饭和呼吸的必由之路，非常容易接触到隐匿的细菌、病毒和异物。但是咽部有非常丰富的淋巴组织，比如扁桃体，就能执行人体的特殊的防御功能，不过此处也非常容易遭受到溶血性链球菌、葡萄球菌或者肺炎链球菌等致病菌的侵袭而发炎。
这些细菌平时可能就存在于人体的咽部和扁桃体隐窝里，正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整，而且扁桃体表面有黏液腺，会不断分泌黏液，可以把细菌、病毒包裹一起，从隐窝里排出，所以此时人体身体健康。
如果太累了或者受凉，或者机体抵抗力下降，上皮防御功能就会减弱，腺体的分泌功能就会下降，这时扁桃体就会遭受细菌感染的侵袭而发炎。如果扁桃体炎反复发炎，引起全身症状，反复地发热，这时就可以考虑把扁桃体切除。
