巧克力囊肿主要表现为以下几个方面：

1、患者没有任何不适，做妇科检查B超发现盆腔肿块，有经验的医生通过B超能判断出巧克力囊肿；

2、多数人会表现为月经期前腹痛，即痛经，这种疼痛程度有轻有重。轻者可能类似正常月经时下腹坠胀不适，严重的病人可以影响睡眠，出现恶心、呕吐，甚至无法进行正常的生活和工作；

3、还有少数病人整个经期和非经期都会有腹痛，非经期也会存在不同程度下腹不适；

4、部分病人会表现为急腹症，主要是巧克力囊肿破裂造成剧烈疼痛，这种一般是发生在月经期前后；

5、部分病人因为长期备孕没有结果，做妇科检查发现存在子宫内膜异位症，存在巧克力囊肿。

总之，巧克力囊肿的主要临床表现是疼痛，B超发现腹部卵巢囊肿和不孕。