淋巴结核属于全身结核病，治疗应以综合治疗为主。因此需要坚持早期、联合、规律、全程、足量的治疗原则。总体的治疗方案是在应用抗结核治疗的同时，辅以局部的淋巴结穿刺、抽脓以及注射抗结核药物治疗。对于没有合并症的肺外结核患者，原则上采用初治菌阳的治疗方案，总的疗程是12-18个月。在正规的抗结核治疗过程中，约20%的淋巴结核会形成淋巴结的结核性脓肿，若局部病灶经过治疗以后没有变化，或者病灶出现液化的脓肿形成，部分病人可能出现破溃的继发感染，需要手术进行治疗。
治疗淋巴结核还可以予以中药治疗，也就是在全身抗结核治疗的基础上，辅以结核丸、猫爪草等中药治疗。同时根据患者的免疫功能检测，也可以加入辅助的免疫治疗。目前结核的免疫辅助治疗分为2大类，有细胞的因子制剂，如γ干扰素，白介素等；还有生物制剂，如胸腺肽、草分枝杆菌的疫苗以及卡提素、母牛分枝杆菌疫苗等。对于淋巴结核的外科治疗，手术治疗方式主要有穿刺、抽脓、注药、切开引流及填塞换药、淋巴结切除及坏死病灶组织的清扫术，手术以后应该继续抗结核治疗12个月。