肛瘘的预防主要在于及早治疗肛门周围的感染性疾病，因为大部分的肛瘘都来源于肛隐窝感染，所以肛窦炎阶段，如果正确处理，不至于发展成肛瘘。需要注意：
1、比如肛窦炎坠胀、疼痛，隐窝深度超过0.5cm，这时候应当及时的切开引流，这样会防止日后形成脓肿或者形成肛瘘；
2、脓肿要及早的切开引流，时间越长，肛门周围疏松的结缔组织一旦形成积脓以后，向其它间隙播散速度会比较快，导致比较复杂的情况，对肛门功能的影响也比较大。
所以有病需要及早的去就诊，及早的治疗，一旦形成肛瘘以后，要及早手术，如果不手术，很少能自愈。