肠镜主要分为普通肠镜，静脉麻醉肠镜即无痛肠镜。肠道对于尖锐刺激反应不敏感，镜下在肠内切息肉或切除病变，切除过程不会感到疼痛，因为对这种切割痛非常不敏感，反而对其它牵拉痛和胀痛非常敏感。在进镜过程中因为会用肠镜牵拉肠道，会有不舒服甚至疼痛的感觉。另外检查过程中要往结肠的肠腔内注气，也会有不适感。如选择无痛胃肠镜，基本上可无太大不适感。

不管是普通肠镜或无痛肠镜，都有一定风险，如肠道出血、穿孔、肠黏膜撕裂等，和病人体质以及检查者熟练程度有关。