目前中医治疗慢性疲劳综合征，作为一种首选的、比较时尚的治疗方法。方法很多，技术也很多，最常用艾灸、刮痧、拔罐以及针灸、推拿、按摩、足底反射治疗也就是足疗，中药的熏蒸，中药的药浴等。
目前无论是在养生行业还是在医院里面都有很多应用，比如穴位贴敷等这一系列。在针刺里面会选用普通针刺，辨证取穴，疼痛性的疾病会选用局部的穴位，配合相关的经脉，肢体远端的穴位，比如合谷等穴位进行针刺治疗。在临床中其实针对慢性疲劳综合征，用的最多的而且临床疗效比较肯定的有温针灸、艾灸，在艾灸里面，最常用有麦粒灸，还有手持悬灸以及隔药饼灸、隔姜灸等。
针对表现不同，所涉及的脏腑不同，比如对于合并有纳食比较差，也就是食欲不振、胃脘部不适，可以选用腹部中脘穴。如果合并有胃肠功能障碍，选用中脘穴、天枢穴以及足三里穴，进行温针灸或者隔姜灸交替使用。对于合并有慢性疼痛性的疾病，譬如肩背部不适，可以选用背部的长蛇通督灸等这一系列的办法进行调理。