女性甲状腺疾病的病因主要是取决于女性患了哪种甲状腺疾病，临床上女性常见的甲状腺疾病主要包括甲亢、甲减、甲状腺肿、甲状腺炎症以及甲状腺结节。

女性甲亢最常见的原因是毒性弥漫性甲状腺肿，也就是Graves病；女性甲减最常见的原因是自身免疫性甲状腺疾病所导致的甲状腺功能减退；出现甲状腺肿，如果甲状腺功能正常，称之为单纯性甲状腺肿。单纯性甲状腺肿主要是因为环境和遗传因素所导致，比如碘过少或碘过量，都可以导致甲状腺肿；甲状腺炎症分为以急性、亚急性和慢性甲状腺炎，通常急性、亚急性甲状腺炎症、由感染所导致的慢性甲状腺炎，多数由于自身免疫性的疾病所导致；甲状腺结节的病因目前并不是特别清楚。