两者有本质的区别。色素痣是发生于皮肤的良性肿瘤，黑色素瘤是发生于皮肤的恶性肿瘤。色素痣临床非常常见，是黑素细胞在局部聚集过多而引起，为人类最常见的皮肤良性增生物，可发生于任何年龄、任何部位，但是如果在摩擦部位或者皮损直径≥6mm，皮损边缘不规则，通常为扇形，色素沉着不规则、不均匀，皮损不对称，或者出现恶变重要征象，要警惕发生恶变可能性，需要及早进行手术切除及组织活检检查。黑色素瘤好发生于30岁以上成年人与老年人，青年人发病比较少，儿童比较罕见。12岁以下儿童发病者仅占到4.2%，呈浸润性生长，皮损清晰，周围正常组织可发生转移。
色素痣不会侵袭周围正常组织。色素痣的组织病理可以见到呈长分布的痣细胞等等，是痣细胞成熟的现象。黑素瘤边界往往不清楚，色素不均匀，组织病理可以见到异型肿瘤细胞，免疫组化可以确诊。起源于黑素细胞的恶性黑素瘤多发生于老年人，恶性程度较低，生长比较缓慢。起源于痣细胞的黑素瘤，多见于年轻人，恶性程度较高，生长快，发生转移较早。