神经上皮肉囊肿是良性肿瘤。实际为先天性的发育残留，主要是在胚胎时期形成的囊肿，基本上处于稳定状态，一般危害较小。

随着小孩的生长发育，囊肿也在长大，但对周围的脑组织一般不产生严重影响。除非在一些特殊部位，如桥脑小脑角，神经结构异常复杂，可能会对周围的神经产生压迫，患者出现面肌抽动症、三叉神经痛、听力障碍等。另外部分囊肿长在蝶鞍，会对垂体有干扰，可能会引起垂体功能低下，或视力的改变。多数情况，神经上皮肉囊肿可以通过手术摘除，其包皮比较完整，容易切除，及早手术切除之后，对人体几乎没有影响。