隐球菌肺部CT表现不具有特征性，大多数是结节性改变和肺部浸润性肺炎，两种形式最为常见。但是它的表现也是比较不具有典型特征，目前发现具有多形性，即各种肺部表现形式都可能存在。

最多见的是孤立性结节影和肿块影，不易和肺部肿瘤相鉴别。另外，有部分病例是淋巴结肿大，肺内淋巴结和肺门淋巴结都可能肿大，也可以单发、多发，还经常看见有肺部浸润性阴影。这种浸润影可能是像肺炎一样的局部浸润，而且可以在单肺，也可以在多个肺叶，较多时候观察是阶段性肺炎。病人一般起病比较隐匿，症状较轻，轻微咳嗽、咳痰、低热、盗汗，反复出现后病人到医院就诊，拍胸片和CT而发现有肺部阴影。

单纯有肺部阴影仍然无法诊断是隐球菌病，隐球菌病最终确诊主要是依靠病理学和细菌学。细菌学主要是可以在肺部做支气管镜时，肺泡灌洗液发现有隐球菌的特征性菌体和孢子，或者做肺活检和经皮肺穿刺，确诊发现有菌体和孢子，培养也可以鉴别。肺部的病理学还有一个特征，是肉芽肿性炎症。因此隐球菌肺部CT表现多见于结节性和浸润性表现，个别还有空洞，但是这些都不是特异性表现，最终确诊依靠病理学和细菌学诊断。