肛门闭锁做完手术，如果单纯从是否有肛门，是否能够排便角度来讲，肛门闭锁都能够治愈，做完手术以后患者都能排大便，能活下来，但是术后仍有很多并发症，比如便秘、大便失禁、直肠黏膜脱垂等。手术预后主要取决于肛门周围肌肉和直肠发育程度及手术方式选择，低位肛门闭锁做完手术后，术后排便、控便能力都比较好，而高位肛门闭锁上述能力都比较差。

只要是肛门闭锁诊断明确，手术时机一般选在生后24-48小时之间，如果时间太长，肛门闭锁会导致梗阻，小儿肠管扩张、腹胀加重，会严重影响孩子状态，甚至导致死亡。低位肛门闭锁预后良好，而且大部分孩子都为低位肛门闭锁，所以术后排便、控便能力都很好，长大以后和正常孩子不会有太大区别。

对于中位、高位肛门闭锁，现在手术能够解决排便情况，但是控便能力稍弱，经过功能锻炼，加强排便习惯养成，患儿情况能有所改善，不会影响孩子正常生长和发育。功能锻炼以后，排便、控便能力随着医学发展，一定会有更先进办法，比如现在发展出生理电刺激反馈治疗，是近些年来试验性手段，部分患者会取得良好反应。