做盆底肌检查太疼，主要是因为盆底肌肉有痉挛，再就是在分娩过程中，盆底的肌肉神经损伤还没有完全的恢复，都会造成疼痛，具体的处理见于以下：
1、按摩：出现这种情况，首先可以由有经验的医生或者是康复师做盆底肌肉的按摩，盆底肌肉经过按摩之后，能够适当的松弛，也能够缓解疼痛；
2、做盆底肌肉电刺激治疗：盆底肌肉通过电刺激之后，能够改善血管、淋巴管循环，促进肌肉神经的恢复，疼痛就能缓解一些。再过上一段时间，因为人身体的组织本身也处于恢复的过程，过上半月、一月再来检查，也可能疼痛就不会那么重。
所以盆底肌检查太疼本身就是问题，在排除了一些阴道的炎症或者盆腔炎症之外，主要是因为盆底肌的痉挛和肌肉神经的损伤造成，主要通过手法按摩、盆底肌电刺激来促进组织恢复，疼痛一般都能够逐渐的缓解或者变轻。
