在抗结核药物出现之前，肠结核预后非常差，死亡率很高。抗结核药物在临床得到广泛应用以后，使肠结核的预后大为改观，特别是对肠结核的疗效尤为显著。本病预后取决于早期诊断、及时治疗，当病变尚在渗出阶段的时候，经过治疗可完全治愈，预后良好。除此之外，合理选择抗结核的药物，保证充分的剂量与足够的疗程是决定预后的关键。临床治愈的标准是以复查结果为主，具体情况请到专业医院明确诊断。