十二指肠溃疡需要进行手术的患者较少，通常可通过内科药物手段彻底治愈。只有存在出血、穿孔或瘢痕性梗阻情况下需要手术。手术通常需要进行远端胃大部切除，包括切除出血灶、梗阻灶。有时还需要切除溃疡本身或溃疡旷置。

术后并发症通常包括术区出血、十二指肠残端出血、十二指肠残端瘘、粘连性梗阻。远期并发症包括倾倒综合征、内疝形成。除此之外，切除远端胃后可导致维生素B12、内因子铁剂吸收障碍，可能引起严重贫血。