肝胆管结石存在癌变可能，但概率较低，可能不足1/10000，肝内胆管结石引起的肿瘤是由于慢性、长期刺激导致。

胆管结石往往因局部狭窄，在此基础上形成胆管结石。胆管结石成分非常复杂，对胆壁会形成慢性刺激。久而久之其中极少数人会出现癌变，概率确是非常低，患者不必过于紧张。

因为胆道系统就像树枝，枝繁叶茂，往往小分支由于堵塞、狭窄，或者先天形成的小结石，这种情况对整体的肝脏不会产生影响。只要结石未移动至胆总管堵塞总干道则无太大问题，肝内胆管结石通常无症状，患者如有疼痛或疼痛剧烈，往往由其他因素引起。