针对尿道真菌感染较主要的治疗手段是应用抗真菌药物进行治疗，比如常用的氟康唑、伊曲康唑，可较有效杀灭真菌。还可根据患者的具体情况，采用口服或静脉用药的方式使用抗真菌药杀灭真菌，从而治疗感染。
除此之外，很多出现真菌感染的患者本身有一定的易感因素，如真菌感染继发于全身的细菌感染之后，出现二重感染，可能患者本身机体的免疫力受到打击，此时需要根据患者的具体情况，采用综合的治疗办法。如糖尿病患者应用激素时，需要控制好血糖，调整激素的用量，改善患者的一般状态以及自身抗感染的能力。另外，部分患者可能是因为留置尿管出现真菌感染，此时需要及时更换尿管。
