全飞秒手术是通过小切口将角膜中间的基质取出，所以角膜切口小，术后创口愈合较快。此外，因切口少、切断神经少，所以手术以后出现干眼症的几率也比较小。因为角膜没有被翻起来，只是行微切口，所以手术以后角膜的防护能力较好。

全飞秒手术的缺点是价格比半飞秒手术贵，并且全飞秒手术目前还不能做到个性化，即不能消除角膜不对称的情况，所以术后不对称的情况仍然存在。