孕妇扁桃体发炎、喉咙肿痛，要确定是扁桃体急性化脓性炎症，还是病毒感冒，还是其他原因，需要进行针对性的治疗，如下：

1、扁桃体急性化脓性炎症：如果是扁桃体急性化脓性炎症，通常需要使用抗生素治疗，比如阿莫西林，是治疗急性化脓性扁桃体炎比较有效、常用的抗生素，同时也是对于孕妇相对安全的抗生素，通常需要连续治疗10天，一般就可以有效治愈，并有效预防复发；

2、病毒感冒：如果并不是化脓性扁桃体炎，扁桃体有炎症但并没有明显化脓，有轻微疼痛或者有轻微发烧，在3-5天之内逐渐缓解和退烧，一般属于病毒感染，比如感冒病毒。这种情况通常不需要使用抗生素治疗，注意好好休息、观察病情即可，1周左右会逐渐缓解和自愈，病毒感染通常是属于自限性疾病，而不需要使用抗生素治疗；

3、胃酸胃液反流：如果这种喉咙肿痛持续时间比较长，疼痛不是很明显，但是持续不愈或者反复发作，这个情况要考虑和胃酸胃液反流刺激造成的反流性咽喉炎有关系。