唾液腺囊肿包括唾液腺黏液囊肿和腮腺囊肿，唾液腺黏液囊肿包括小唾液腺囊肿和舌下腺囊肿。黏液囊肿根据病因可分为外渗性和潴留性，外渗性较为多见，约占80%，由导管破裂唾液渗于周围的组织间隙所形成，由外伤导致；潴留性较为少见，约占20%，是由于导管部分阻塞，唾液潴留导管囊性扩张所致，因此导管细小或过于弯曲的人容易患有囊肿。局部炎症会破坏导管口，阻碍唾液分泌，容易导致患者发病；唾液分泌过于黏稠的人患病风险较高；分泌的唾液中含钙成分较高，容易形成小结石，堵塞导管同样容易发病；唾液分泌功能亢进的人，例如青少年唾液腺功能发达，分泌量大，同样容易导致发病。

腮腺囊肿分为潴留性和先天性，而潴留性病因和潴留性黏液囊肿的病因相同；先天性腮腺囊肿包括皮样囊肿、鳃裂囊肿和先天性导管囊状扩张，属于先天性发育异常所致。