目前肺结核的诊断主要依靠胸部影像学、痰结核菌检查等来综合考虑，痰结核菌检查常用的有痰涂片和痰培养。痰涂片快速、经济，广泛应用于肺结核的筛查；痰培养更准确、灵敏，但耗时长，费用贵。痰结核菌检查对象是咳嗽、咳痰≥3周或有咯血、血痰症状以及胸片异常者。初检者应留3份痰标本，夜间痰、清晨痰和即时痰。如无夜间痰，在留清晨痰后2-3小时再留取一份痰标本，痰标本的容器到专门的医疗机构领取，不能立即做涂片检查的痰标本，须置4℃冰箱保存，防止痰液干涸或污染。

肺结核的痰涂片检查时，挑取部分痰液在玻片上涂抹成痰膜，使用抗酸染色，在显微镜下查找抗酸杆菌，连续观察300个不同视野，未发现抗酸杆菌，为抗酸杆菌阴性。若有抗酸杆菌，根据视野内抗酸杆菌的数量分为抗酸杆菌可疑、抗酸杆菌阳性（1+）、抗酸杆菌阳性（2+）、抗酸杆菌阳性（3+）和抗酸杆菌阳性（4+）。痰菌的多少、有无，直接关系到病情的转归。