儿童咳嗽伴耳部疼痛原因如下：

1、呼吸道、气道压力改变，通过咽鼓管传至中耳部位，引起鼓膜震动出现耳部疼痛；

2、呼吸道感染：特别是鼻咽部炎症。咽鼓管开口出现肿胀、堵塞，中耳内气体与外界不通，气体吸收后导致耳部疼痛；

3、中耳炎：呼吸道感染合并中耳炎出现几率较高，约10%左右。细菌、病毒、支原体等可通过咽鼓管至中耳部位引发炎症。如中耳炎因细菌感染导致，即化脓性中耳炎，可能出现白细胞升高，疼痛较明显。如果鼓膜内出现液体渗出，需使用抗生素治疗7-10天。