蛛网膜囊肿早期一般不会引起头痛，随着时间推移，以及囊肿不断增大，会出现压迫症状，引起颅内压增高，会出现头部胀痛，伴有恶心、呕吐的症状。如果囊肿在神经功能区，可能还会出现神经功能的障碍。

大多数的蛛网膜囊肿，并没有引起任何症状，在临床中有很多患者是因为其他原因做头部的CT或磁共振，发现颅内有蛛网膜囊肿。如果蛛网膜囊肿没有明显不适症状，建议随诊观察。

如果患者出现明显不适症状，尤其囊肿增大对周围有压迫作用，则需要提前进行干预，以免治疗不及时耽误病情。