宝宝消化不良的治疗分为一般治疗与药物治疗两种。
　　1、一般治疗：帮助宝宝的家长认识和了解病情，指导其改善宝宝的生活方式，调整饮食结构和习惯及改变排便习惯等。给宝宝吃的食物必须是新鲜烹制的，避免食用油腻的食物，并且最好不要吃糖分含量比较高的以及富含高蛋白高脂肪的食物，还有豆类食物也要少吃，少量多次进食，适当增加活动。
　　2、药物治疗：根据宝宝的临床表现及其与进餐的关系，可选用促胃肠动力药、抗酸药和抑酸药，一般疗程2～4周。治疗无效者可适当延长疗程，并可进一步检查，明确诊断后再进行治疗。有幽门螺杆菌感染者，需行幽门螺杆菌的根除治疗。
　　（1）促胃肠动力药：如果宝宝有餐后饱胀、早饱等症状，可以服用促胃肠动力药，如枸橼酸莫沙必利、甲氧氯普胺、多潘立酮，但是一定在医生指导下使用且不可长期大剂量的给宝宝服用，容易引起副反应。
　　（2）抗酸药及抑酸药：如果宝宝有明显的腹痛、反酸、烧心等症状，可以服用铝碳酸镁、复方氢氧化铝、碳酸钙口服混悬液等抗酸药；奥美拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑等抑酸药。此类药物已广泛应用于消化不良的治疗。
　　（3）根除幽门螺杆菌：用抑酸药如奥美拉唑、雷贝拉唑等联合克拉霉素、罗红霉素等抗生素根除幽门螺杆菌。临床研究表明根除幽门螺杆菌后可使部分患者症状得到长期改善。
　　3、肠道益生菌的应用：乳酸杆菌、双歧杆菌、布拉氏酵母菌散等肠道益生菌能抑制肠道病原菌的生长、增强机体免疫功能，此外还参与了内源性物质的消化分解，通过增强或降低消化道酶的活性，或产生各种消化酶而促进消化功能。