先天性心脏病的病因尚不明确，可能有关的原因包括遗传因素、环境因素、药物、疾病因素等四个方面。
　　遗传因素：以21三体综合征为例，该病约50％患者伴有先天性心脏病。单纯房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭、法乐氏四联症大部分呈多基因遗传规律，兄弟姐妹同时患病、父母与子女同时患病的情况颇不少见，而且其疾病性质甚为近似。
　　环境因素：指妊娠前和妊娠中孕妇所处的环境，包括化学因素和物理因素。化学因素主要是孕妇长期接触有害的化学制品，包括苯、二氧化硫等有害气体和汞、镉等重金属等。物理因素主要为放射线，妊娠早期受到放射性物质如X射线、同位素等过量照射容易造成胎儿心血管畸形。
　　药物因素：孕妇在妊娠早期接触致畸药物，如锂、苯妥英钠或类固醇等，都可导致胎儿患病率增高。也有报道孕早期服用阿斯匹林、四环素类药、避孕药、应用拟交感神经药和苯异丙胺药、饮酒、吸食大麻导致该病。
　　疾病因素：孕妇患有糖尿病而未经治疗和控制病情者，可致胎儿先天性心室间隔缺损的危险性大幅增高。妇女在怀孕最初3个月，如遭到病毒感染，如患感冒、感染风疹病毒，胎儿易发生该病。
　　由于上述原因都是导致孩子先天性心脏病的高危因素，因此母亲在孕期应尽量避免。