骶管囊肿其实就是生长在脊柱内的一种囊性改变，也不是一种肿瘤性质的改变，也不用区分良恶性，并且生长得很慢，有的情况下甚至不产生任何明显的临床症状。因此对于其治疗来讲，一定要审慎。
一般情况下，如果患者没有明显的临床症状，或者是仅有轻微的临床症状，可以先通过口服药物的方式进行缓解，或者是可以先暂时观察。比如每隔三个月进行相关的复查，如果确实在这三个月以后，出现了明显的增长趋势以及明显的临床症状，那就需要通过外科手术的方式进行治疗。比如出现了腰腿的剧烈疼痛，并且间歇性的跛行，应用药物的方式不能进行改善，严重影响到了日常生活和工作，下肢出现肌力下降以及感觉的减退、会阴部的疼痛、大小便的障碍等，如果出现这些情况，需要外科的方式进行治疗。
外科手术的大体过程是，显微镜下将囊肿修剪成型，切除囊肿壁，保护神经根，然后找到脑脊液的瘘口，进行缝合关闭，或者是重新塑形。
手术之后，一般情况下都是采取头低臀高的俯卧位，然后伤口用沙袋加压，一般一周以后就可以下地活动。
