肾积水的主要原因是泌尿系的通道梗阻，可分为先天性原因和后天性原因。
　　先天性原因导致肾积水包括内在性输尿管狭窄、节段性无功能、输尿管扭曲、异位血管压迫和输尿管开口过高等情况。内在性输尿管狭窄常出现在肾盂输尿管交界处，产生不完全的梗阻情况，形成局部无弹性的狭窄区域，导致尿液蓄积潴留，形成肾积水。节段性无功能是由于先天发育异常，导致局部输尿管收缩功能丧失，形成梗阻情况。输尿管扭曲、粘连、异常结构等导致局部梗阻、尿液潴留。异位血管压迫会有异位的血管压迫输尿管，导致潴留情况。输尿管开口过高也可能导致局部张力增大，形成尿液潴留。
　　后天性原因导致肾积水的原因包括炎症刺激、肾盂输尿管交界梗阻、外伤因素等。长期慢性炎症刺激，可能导致输尿管内部形成疤痕组织，导致收缩功能异常，出现梗阻的情况。肾盂输尿管交界处如果有结石梗阻、肿瘤、新生物等组织，也会压迫导致梗阻情况出现。如果有输尿管的损伤，在修复过程中，会有疤痕组织形成，也会影响输尿管的收缩功能，导致功能异常出现积水的情况。