应用神经内镜治疗脑积水的手术还包括导水管成形术、透明隔造瘘术、脉络丛烧灼术，不对称性脑积水和脑室脑池内囊肿引起的继发性脑积水的内分流术等。这种方法是一种根治性方法，可以有效避免分流术带来的并发症，一旦成功，患者终身受益。婴幼儿脑积水手术应从创伤最小的术式做起。手术的关键是根据脑积水的病因选择术式。由中脑导水管狭窄或由蛛网膜囊肿而形成的脑积水，建议首先选用软神经电子脑室内镜、在软神经电子脑内镜下行中脑导水管狭窄扩张术或中脑导水管支架植入术，是中脑导水管畅通以解决脑积水问题，或行第三脑室底造瘘术或蛛网膜囊肿脑室镜下开窗及内引流术。对于交通性脑积水或经脑室镜下内引流术无效的患儿，只能通过脑室腹腔分流术以解除脑积水。
有时患儿就诊时，脑积水已非常严重，导致大脑实质部分非常菲薄。此时，做普通的分流术风险相当大，容易引起颅内出血而致残，甚至致死。因此，需应用可调压分流系统进行手术，避免术后并发症。
