益生菌和抗生素一般建议间隔2-3个小时，以免影响药效。
抗生素具有杀菌作用，和益生菌一同使用，可能会对益生菌有抑制或杀灭的作用，所以两个药应尽量避免合用。若是由于病情需要，患者必须同时应用抗生素和益生菌，需要注意二者的间隔时间，避免抗生素影响益生菌的吸收。临床上一起使用的情况可分为以下两种，一是短期使用抗生素，一般是7-14天，很少会引起肠道菌群失调，所以可以在抗生素疗程结束以后再进行益生菌的补充。另一种是需要长期抗感染治疗，临床上超过一般疗程时，需要同时口服益生菌，建议在应用抗生素后2-3小时再给予益生菌口服。
益生菌不建议长期连续服用，以免形成依赖性、抗药性，加重腹泻、便秘等症状。
