分流手术虽然适用于绝大多数脑积水，但是这个手术最大的问题就是会有比较高比例的并发症，并发症发生的几率约超过20％，在2岁以内的脑积水V-P分流的孩子超过30％，有些大宗病例报道甚至超过50％，明显高于成人，且并发症的种类多达几十种。仅是脑室腹腔分流术的并发症就可以写一本书。
　　1、分流管并发症概述
　　由于分流手术是在儿童体内植入了外来物（即便排异反应很小），明显改变原有的脑脊液循环，而且基本都是终生不拔除分流管，医生将管子放入孩子体内后，这根管子能否和孩子现在的状态及长期的未来相适应、相匹配——很多地方是医生无法完全控制的。所以，分流管有较大概率出现各种问题，也就是并发症。
　　大约90％的并发症出现在10％的患儿身上，也就是说一旦出了并发症，后续反复出现并发症的概率更高。严重的并发症约1-4％，包括：感染、出血、消化道或泌尿道穿孔、腹水、腹膜炎、气胸、癫痫、裂隙脑室综合征、孤立脑室。相对不严重的并发症4-50％，包括：硬膜下积液、气颅、分流管梗阻、分流管断裂、腹腔包裹、腹腔积液、轻度的感染。婴儿常出现的并发症包括：脏器穿孔、硬膜下积液/出血、皮下积液、分流管表明皮肤溃疡（ulceration)、分流管梗阻、移位、脱出、颅骨异常增厚、腹腔内假性囊肿等。
　　2、严重——分流管感染
　　各种分流相关并发症中最严重的并发症是分流感染，被称为“最昂贵的感染”，发生率为1％－7％。感染高危因素包括早产儿、低体重新生儿、既往手术史（头部及腹部）、免疫反应不健全、出血后脑积水、感染后脑积水、脊髓脊膜膨出伴脑积水。60-70％的感染发生于术后1月内。一旦出现感染，多数情况需要彻底拔除分流管，临时放置外引流管控制感染，寻求再次手术时机，因而往往需要很长的住院时间、多次的手术、巨大的医疗花费才能解决问题。
　　3、需小心预防——过度分流
　　在儿童V-P分流手术中，另一个常见的并发症是过度分流引起的各种问题。过度分流带给儿童的问题远大于分流不足，因而儿童脑积水要非常注意避免过度分流。
　　过度分流在短期内可出现硬膜下积液，严重的积液常需要外引流，甚至再放一根硬膜下-腹腔分流管。在低龄患儿中，过度分流在远期可引起更加严重的裂隙脑室综合征。裂隙脑室综合征指长时间过度引流后，脑室极度缩小，并引起脑室壁顺应性下降，从而导致极小的脑室压迫分流管脑室端，使分流管间断出现不通畅的情况，可引起急性颅高压和明显头痛、呕吐。临床上，裂隙脑室综合症的处理很棘手。
　　所以为了避免过度分流，常常将分流管的初始压力设定的比较高，同时使用可调压分流管，逐步下调压力，直到达到与患儿相匹配的、适合的压力。
　　裂隙脑室综合征患儿影像，分别为术前，术后5个月，术后10个月，术后1年

　　4、最难以判断的问题——分流管梗阻
　　分流管梗阻是最常见的并发症，并且在分流后全程都可能出现。
　　脑室端梗阻往往是由于患儿脑组织发育造成管头位置不良，或者被脉络丛包裹等原因不通。分流泵区域的梗阻，可能是由于长时间脑脊液内杂质堵塞精细的分流泵结构造成的。在腹腔端，可出现腹腔包裹性积液，或者腹腔内大网膜包裹或炎症阻塞。分流管梗阻后，常需要手术探查并更换分流管发生梗阻的部位，甚至完全更换新的分流管。但即使再次更换，也不能完全防止再次梗阻的出现。