孕早期小便后肚子疼的原因较多，可能是生理性因素导致，也可能是泌尿系疾病、先兆流产等病理性因素所致，病因不同，治疗的方案也不相同，具体分为以下几点：

一、生理性因素：

如果孕妇只是在小便后偶尔出现肚子疼的情况，可能是因为胚胎发育过程中牵拉子宫导致的肚子疼，子宫在被逐渐撑大的过程中会出现疼痛的感觉，属于正常情况，无需特殊处理。

二、病理性因素：

1、泌尿系疾病：如果孕早期每次小便后都会出现肚子疼的情况，最常见的就是泌尿系疾病，如急性膀胱炎、尿道炎、膀胱结石、尿道结石等。孕妇可能多伴有尿急、尿频、尿痛、尿不尽等症状，甚至出现尿量减少、不排尿等情况，应及时到泌尿外科就诊，进行血常规、尿常规、B超检查等，针对病因进行治疗。不管是泌尿系统炎症还是结石，均建议遵医嘱大量喝水，多排尿，以帮助炎症或结石排出。如果炎症较为严重，还需口服抗生素进行治疗。孕期禁忌体外冲击波碎石，如果结石造成孕妇疼痛难忍，可视具体情况给予黄体酮药物缓解；

2、先兆流产：如果在小便后突然出现肚子疼，且同时伴有阴道流血的症状，应引起重视，可能是先兆流产所致，需要及时就医，在医生指导下进行保胎治疗。如果保胎失败，则建议终止妊娠。