扁平苔藓由于病因尚未明确，目前无特效治疗方法，所以不能达到完全治愈或根治，而且预后差异较大。

对于病症较轻的患者，去除诱发因素，经规范治疗后少数人群在几周内可以达到临床治愈，但有复发的可能。部分皮肤扁平苔藓也可能在两年内逐渐自行消退，但可能会遗留一些淡褐色的色素沉着改变。另外，部分患者数十年才可自然缓解，并有一定复发、癌变的可能。

患有扁平苔藓需要遵医嘱进行系统、规范的治疗，以避免症状加重。急性泛发重型患者首选系统使用糖皮质激素，病情顽固者可联合使用维A酸类药物、免疫抑制剂、抗生素、抗疟药等。局限性患者可外用糖皮质激素制剂、维A酸类药物、他克莫司或吡美莫司乳膏，对顽固、单发或癌变皮损也可采用手术治疗。

除此之外，患者生活应有规律，消除或减轻精神紧张，避免烟酒及刺激性食物，停用引起本病的药物，日常注意防晒，保持清洁卫生等，均有利于促进疾病达到临床治愈。