怀孕3个月有褐色分泌物，可能是胎盘位置低、子宫收缩、先兆流产、异位妊娠等引起，也可能是其他疾病导致，如阴道炎、宫颈炎等，建议孕妇及时到医院进行B超检查，明确病因，对因治疗。

1、胎盘位置低：由于怀孕3个月属于怀孕早期，此时的子宫腔相对较小，胎盘刚刚形成，往往会附着在子宫下段，或者胎盘下缘达到或覆盖宫颈内口，可能会造成少量阴道流血，进而可出现褐色分泌物。此种情况应及时到医院就诊，孕妇应注意卧床休息，避免劳累；

2、子宫收缩：由于孕妇过于劳累、性生活等，刺激引起子宫收缩，继而可出现褐色分泌物。孕妇应卧床休息，及时去医院进行彩超检查，观察胎儿和孕妇的具体情况，在医生指导下使用抑制子宫收缩的药物进行治疗；

3、先兆流产：因胚胎染色体异常、孕妇患全身性疾病，例如严重感染、高热、严重贫血等，以及过多接触放射线和有害化学物质，均可导致先兆流产的发生，表现为阴道流血，量较少，进而出现褐色分泌物。孕妇应适当休息、减少活动量、补充营养物质，在医生指导下使用孕激素治疗，积极控制基础疾病，进行保胎治疗。如果阴道流血停止，超声检查提示胚胎存活，可继续妊娠。如果临床症状加重，无法挽回，表明流产不可避免，需及时终止妊娠；

4、异位妊娠：以输卵管相关病变较为多见，典型症状为腹痛，阴道不规则流血，色暗红，量少，进而可出现褐色分泌物的情况，可遵医嘱应用药物治疗或手术治疗；

5、其他疾病：如果是阴道炎、宫颈炎等妇科炎症导致的褐色分泌物，一般注意观察，定期检查即可。如果褐色分泌物持续存在，及时就医进行相应治疗。