会厌囊肿不治疗的后果需根据患者病情的严重程度而定，有可能会持续增大。会厌囊肿是由会厌黏液腺管受阻，导致黏液潴留所形成的囊性肿物。囊肿是否需要治疗，要看囊肿的大小及引起的症状，可行体格检查和电子喉镜判断。

如果经医生检查后会厌囊肿较小且不引起任何症状，可暂时不用处理，应定期复查。若会厌囊肿较大，且有咽部不适、异物感等症状，应积极治疗，如果持续不治疗可能会导致囊肿加重，持续增大造成进食或吞咽时有明显的异物感，如果此时囊肿囊壁较薄，可能引起囊液流出，导致呛咳。较大的囊肿堵塞声门会引起呼吸困难，反复发炎不治疗可能会导致急性会厌炎，严重者引起呼吸困难甚至发生窒息。

患者发现会厌囊肿后可暂时观察，如果症状持续不见好转，可行局部手术治疗，也可行激光、等离子刀等消除，术后服用抗生素避免感染，还可使用低剂量激素雾化缓解症状。