正常情况下，在正规医院做肠镜一般不会交叉感染，医院常规有消毒科，所有使用器械都是消毒灭菌合格后才会投入使用，国家卫健委与院方对医院感染的控制非常严格。医院为预防交叉感染主要有两项主要措施：

1、根据国家卫健委规定，医院必须完善患者术前或检查前传染性指标的常规检查，通常包括乙肝、梅毒、艾滋病和丙肝，检查结果显示阴性，才会继续进行手术或检查。若是阳性，有条件的医院会在检查及手术后对镜子使用特殊的消毒方法进行消毒。没有特殊消毒方法的医院会将患者介绍到有特殊消毒方法的医院进行检查；

2、医院严格遵守执行《医院感染管理制度》，检查涉及所有一次性物品使用后会按照医疗垃圾回收处理，检查所用非一次性器具会进行严格的消毒灭菌，操作台、操作室在每次使用后也会严格消毒灭菌、紫外线灯照射。

综上所述，在正规医院进行肠镜检查时，如果消毒措施完善，一般不用担心交叉感染。另外，做肠镜检查前，应严格遵医嘱进行相关检查，避免有发生交叉感染的可能。