胆管癌手术后可能会复发，癌症之所以是癌症，具有容易复发、转移、浸润、生长及其他器官侵袭的恶性生物学特征。胆管癌是恶性肿瘤中侵袭性较强，即恶性程度较高。接受完手术之后，切除原发的癌变病灶，这种情况对于散落在周围的潜在癌细胞，肉眼看不见的细小癌细胞，手术不可能将其清除。

临床上也有专门一种叫亚临床病灶的说法，要求在手术之后使用放化疗来进一步治疗，防止肿瘤病灶在短期内快速复发，但是无论如何，很难阻止癌症在手术以后完全不复发。