办理健康证需要检查肛门。因为肛门部位可能感染低危人类乳头瘤病毒，进而诱发肛门尖锐湿疣。尖锐湿疣属于传染性疾病，在办理健康证的时候是需要检查的。同时还需要做大便常规的检查，排除是否存在肠道病变。

在临床上对于患有痢疾、伤寒、病毒性肝炎等消化道传染性疾病是不能办理健康证的，尤其是从事餐饮行业的，办理健康证需要对肛门进行常规的检查。患者如果只是存在内痔、外痔或者混合痔、肛裂、肛周脓肿等病变，并不会影响办理健康证。这种疾病不具有传染性，检查过程中发现这些疾病时不用过度担心。