肛瘘手术的费用，多和肛瘘的严重程度和手术所在的医院级别有很大的关系。比如单纯肛瘘，在二级医院手术费用大概在5000元左右，在三级医院，费用大概在8000元左右。

如果是复杂性肛瘘或者高位肛瘘，在二级医院手术费用大概在7000元左右，而在三级医院手术费用会在1万元以上，是由于复杂性肛瘘或者高位肛瘘，手术创伤大，恢复慢，住院时间长，所引起的。具体的费用，建议咨询当地医院。