低位肛瘘瘘管位置浅表，一次性切开对肛门括约肌的损伤非常小，不会造成术后肛门失禁，所以多数行肛瘘切开或瘘管切除术。瘘管切开术或肛瘘瘘管切除术手术费用，在普通三级医院，大约需要8000元左右，包括从入院到出院的所有治疗手术费用。

肛瘘手术列入国家医保，如果按医保报销后，自费的费用大约只要2500-3000元左右。肛瘘大多需要行手术治疗才能彻底治愈，患者肛瘘诊断一旦明确，应该及时去正规公立的综合性医院，找肛肠专科医生就诊。