彻底根治扁平疣比较困难，因为扁平疣属于病毒感染，抵抗力下降是复发的主要原因，可以从以下几个方面来进行治疗：

1、可以去除肉眼可见的疣体，常见的是外用维A酸乳膏和重组人干扰素a-2b软膏，或者用激光、液氮冷冻的方式去除肉眼可见的疣体，但是液氮冷冻的过程会比较疼痛，因为扁平疣生长大多数比较密集，所以治疗过程会比较痛苦；

2、可以联合胸腺肽肠溶胶囊或转移因子胶囊来提高抵抗力；

3、可以使用光动力来进行治疗；

4、注意规律生活，绝对不要喝酒，少食辛辣、刺激性食物。