脸上的扁平疣可以用激光或者外用药物治疗，激光主要包括电离子、二氧化碳点阵激光、调Q点阵激光等等。外用的药物主要包括干扰素凝胶、咪喹莫特乳膏、斑蝥素乳膏等等。脸上的扁平疣很多，考虑与抵抗力降低有关系，如果免疫力比较低，建议口服提高免疫力的药物，比如转移因子胶囊、转移因子口服液、贞芪扶正胶囊、贞芪扶正颗粒。

也可以肌注调节免疫力的药物，比如卡介菌多糖核酸注射液、胸腺五肽、白介素等等。同时，注意避免用手抠扁平疣，因为这是由人乳头瘤病毒感染引起来的，如果用手抠，可以传染到身体其他部位。