肾囊肿穿刺的手术费用主要看是否借助彩色多普勒超声辅助。如果是在彩超辅助之下做穿刺，而且穿刺的囊肿是一个，大概的费用是1500元。如果不用彩超直接盲穿，费用大概是500元左右。囊肿数量越多，穿刺的费用随之增长，这些费用都是三级甲等医院的收费标准。

如果在二级医院或者一级医院穿刺，收费要比这个水平还要低。另外，在囊肿穿刺之后还需要使用无水酒精硬化处理，那么要另外再增加费用。单个囊肿使用无水酒精硬化增加的费用大概是200元左右，随着数目的增加，费用也随之上浮。